尖锐湿疣的鉴别诊断十分重要，一旦有误诊对患者造成很大的精神伤害。尖锐湿疣常需与生殖器癌、扁平湿疣、假性湿疣、生殖器鲍温样丘疹病及珍珠样丘疹病鉴别。
(1)生殖器部位癌 边界不清，癌有明显的浸润，常形成溃疡，有时应进行病理组织学检查。
(2)扁平湿疣 为梅毒二期皮疹。扁平湿疣基底宽，无蒂，外观扁平，疣面潮湿、光滑。暗视野显微镜检查可找到梅毒螺旋体，梅毒血清反应为阳性。
(3)假性湿疣 又称女性绒毛状小阴唇，在女性的小阴唇上出现鱼卵状、排列规则的增生物。
(4)生殖器鲍温样丘疹病 本病较少见，主要与人类乳头瘤病毒16型感染有关。表现为生殖器部位多发性棕红色小丘疹，直径2～10mm。临床上很像尖锐湿疣，但组织学上类似鲍温病的改变。作出这一诊断必须是专科医师。
(5)珍珠样丘疹病 发生于男性的龟头，沿龟头冠状沟有排列整齐的大小一致的珍珠样丘疹。本病病因不明，常见于青年男性。