人体感染了人类乳头瘤病毒后大约经过半个月至8个月，平均为3个月的潜伏期后才发病，由于病毒疣初起时常不痛不痒，皮疹也不明显，故早期常不被注意。
病毒疣病程经过缓慢，通常无全身症状。由于本病潜伏期较长，很难判定感染属于哪一次不洁性行为所致。病毒疣男性主要见于阴茎体和冠状沟、龟头、包皮系带、尿道口、尿道内、肛门直肠等处。女性常侵犯大阴唇、小阴唇系带、阴道口、阴道、尿道口颈等处。少数病人可出现生殖器肛门以外的病毒疣，如足趾缝间、口腔粘膜、舌系带、脐窝、腋下、乳房等处。这些病人系接触传染，不属性病范畴。
病毒疣开如为细小的淡红色丘疹，以后逐渐增大，数目增多，表面隆起，多数质地脆而硬，高低不平的疣状增生，临床上依其形态分为蕈状、鸡冠状、菜花状、乳头状。湿疣体表面显红色或污灰色或正常皮色，局部湿润，部分病人感到阴部瘙痒，性交时疼痛或出血，由于自觉或不自觉的搔抓，可使疣体破损，形成糜烂，出现渗液而继发感染。
由于病毒疣的病毒可以自身接种，故在女阴或肛周类锐湿疣往往出现两侧接触面都有，这些部位的尖锐湿疣常因粪便、白带等刺激，往往发展为巨大病毒疣。这种疣外表有时似癌肿，不但长得大和快，甚至可连至尿道形成瘘管，很痛苦。
病毒疣常伴有其它性病，有些有症状，有些是无症状之亚临床感染者。女性病毒疣如发生的宫颈和阴道内很容易被忽略，因而借助阴道窥器进行检查很必要。