由于功能性阳痿与器质性阳痿在致病因素、发病情况、勃起功能及预后等方面各不相同，因此治疗方法也截然不同。所以必须区别功能性阳痿和器质性阳痿，从起病情况看，功能性阳痿一般起病突然，而器质性阳痿通常都是逐渐起病，并且进展缓馒逐渐加重。
从病因方面看，功能性阳痿常与精神因素关系密切，如恐惧、抑郁、焦虑、精神创伤、内疚、夫妻感情不和等，而无生器殖官的器质性损害，器质性阳痿常因性器官解剖上的缺陷所致，如阴茎发育异常、脊柱裂、阴茎外伤、硬结、全身性慢性病等，而与精神无关。
从勃起功能状态看，功能性阳痿患者在不性交时可有暂时的近似正常的勃起，或当受到性刺激(如手淫、视听色情等)或在睡眠中阴茎能勃起，或阴茎勃起无困难，但在性交时突然疲软，而器质性阳痿是无论何时何情况下都不能勃起。
从患病率上看，功能性阳痿占阳痿患者的80～95%，而器质性阳痿占阳痿病患者的10～15%；从治疗上看，功能性阳痿主要通过心理治疗可获痊愈，而器质性阳痿要针对原发性器质性病变治疗，前者易治而后者较难治疗。