非淋菌性尿道炎是常见的尿道感染性疾病，它虽然症状较淋病轻，但危害并不比淋病轻。对女性而言，它可能引起女性合并症，如子宫内膜炎、输卵管炎、宫外孕、不育症和流产。对男性则同样能引起男性的不育。
在夫妇中，特别是那些所谓不明原因的不育夫妇中，男性精液中衣原体和支原体等病原体存在的比例远远高于正常人，因此可以认为这些病原体是导致不育的因素之一。
因尿道炎导致尿道狭窄和射精功能障碍尿道感染可以直接影响尿道的上皮，在感染的局部形成疤痕。这种情况严重时可造成尿道狭窄，造成排尿困难，同时也可以造成射精的障碍。
尿道邻近器官的感染如附睾炎，可造成梗阻，使得精子不能运送出睾丸。如，精液里面就可能有大量白细胞，这将导致不育。
诱发产生抗精子抗体衣原体和支原体等可诱导人体产生抗体，而这些抗体可能会诱导人自身产生抗精子抗体，从而造成不育。
对精子的直接作用支原体是一种很微小的生物，可以吸附在精子中部，影响精子的活力。