非淋菌性尿道炎的潜伏期一般为7-21天。
1．男性非淋菌性尿道炎
（1）症状有尿道刺痒、有烧灼感和排尿疼痛，少数有尿频尿道口略微发红。晨起尿道口有少量粘液性分泌物或仅有痂膜口，或裤裆污秽及在小便时会出现尿流分叉的现象。有些患者需要用手用力挤压才能有分泌物从尿道口溢出。症状与淋菌性尿道炎相似，但程度较轻。部分患者无症状。患者同时发生淋病双重感染。
（2）合并症①附睾炎：感染沿输精管延至附睾，典型症状为尿道炎与附睾炎并存。常见者为急性附睾炎，多为单侧，常由沙眼生物变种引起。②前列腺炎：亚急性前列腺炎较常见，慢性前列腺炎可无症状或有会阴钝痛、阴茎痛。③Reoter综合症：0.8％--3％的NGU患者发生，男性较女性多见。包括尿道炎、多发性关节炎及结膜炎等等。
2.女性泌尿生殖器感染多以宫颈为中心扩散到其他部位。
（1）粘液性脓性宫颈炎表现有白带增多，子宫颈不肿或糜烂，但临床症状不明显。
（2）尿道炎尿道灼热或尿频，检查尿道口充血、微红或正常，挤压尿道见分泌物溢出，不少患者无任何症状。
（3）合并盆腔炎包括输卵管炎、子宫内膜炎。本病可外孕或不育。
3.新生儿结膜炎、肺炎经产道感染，有沙眼生物变种宫颈炎的产妇，其新生儿40％---50％可患眼结膜炎，多在生后5—14天内出现、新生儿肺炎发生在出生后2-3周，但大多在6周时才确诊。从结膜鼻咽、气管分泌物可分离出D---K型沙眼生物变种。