非淋球菌性尿道炎是指男女尿道或女性生殖道（阴道、宫颈）感染了除淋球菌以外的病原体引起的炎症。在临床上，由于患者未能及时、g规范的治疗，使得本病久治不愈，有可能产生下列并发症：
一、男性：
①附睾-睾丸炎：临床可见附睾及睾丸肿大，触之发硬且疼痛明显，阴囊水肿，输精管变粗，抽取水肿之液体可分离出病原体。这是男性非淋球菌性尿道炎的主要并发症，其常与尿道炎同时存在。
②前列腺炎：非淋菌性前列腺炎是常见、复杂而又难治的并发症，有急、慢性之分，但大多数表现为慢性过程，如后尿道、会阴、肛门等部位坠胀、钝痛感，尚可放射到横膈以下各部，从而亦可产生性功能障碍。直肠指检可触及肿大、压痛的前列腺；
③Reiter综合征：即关节炎、结膜炎、尿道炎三联征。为非淋菌性尿道炎的部分合并症，可能还与遗传因素或自身免疫有关；
④其它如眼色素膜炎、强直性脊柱炎则相对较为少见。
二、女性：
①急性输卵管炎：常有寒战发热、腹胀、恶心呕吐、腰酸，尤以骶部为甚，有时向大腿放射，患侧可有压痛或反跳痛。近1/4的患者可扪及增粗之输卵管或附件炎性包块；
②慢性输卵管炎，为慢性过程，经常反复下腹部隐痛，月经紊乱；
③前庭大腺炎：局部可见红肿触痛，甚至出现脓肿，重者伴全身症状；
④此外，女性非淋球菌性尿道炎的合并症还有子宫内膜炎，直肠炎等。还有需特别注意的是，女性支原体、衣原体的生殖道感染，常常使不孕症、异位妊娠、流产、早产、死产及新生儿感染死亡率增加。