女性感染衣原体不限于尿道，可累及整个泌尿生殖器官，此类感染常因缺乏自觉症状或症状轻微而忽视了治疗，导致传染源继续扩散，形成危害。
无症状感染（缺乏症状反应）：由于本病缺乏自觉症状，则局部症状便成为诊断的一个重要指标，表现为阴道有脓样分泌物，亦可为粘液或浆液性。分泌物量较多（为中等量），稍有臭味。阴道粘膜为正常颜色，但常伴有宫颈糜烂。
衣原体性宫颈炎：当伴发宫颈炎时，白带增多，有浆液或脓性分泌物增加，宫颈糜烂，易有接触性出血等症状。镜检下阴道分泌物的所谓“阴道清洁度”多为III度以上。
衣原体性输卵管炎，本症多由宫颈炎并发引起。症状多数较轻，仅是下腹部轻微疼痛，一般体温不高，血沉稍快。用腹腔镜直接从输卵管抽吸物标本中，约30%以上检测出衣原体。由于这种非典型病情，使病人拖延就医，往往引起子宫附件损害，形成输卵管炎及堵塞导致不孕的后遗症。
盆腔炎：凡在盆腔内感染者，如宫内感染，输卵管炎等附件炎症波及盆腔腹膜特定的部位感染均可称之为盆腔炎。其主要表现是急腹症型。