淋病双球菌进入尿道后可分为三个阶段，第一阶段：侵入尿道，需36小时方能深入粘膜下层开始生长；第二阶段：发育阶段，淋病双球菌侵入机体约36小时内完成一个生活周期；第三阶段：排毒阶段，部分淋病双球菌死亡后，排出内毒素，从而引起组织对毒素的反应，开始出现临床症状。
一般说，临床症状在感染后72小时之后发生，由于机体抵抗力强、淋病双球菌繁殖速度慢及其致病力弱、日常用药影响、病人反应及耐受状况等原因，淋病双球菌在人体内虽已寄生、繁殖致病，但没有主观和客观体征和临床症状。感染可累及尿道、子宫颈、直肠、咽部。
据报导，对无症状淋病病人进行尿道和子宫颈取材培养检查，淋病双球菌检出率男性达78%，女性为57%，平均为69%，无症状型者可迁延多年或终生无症状。但若身体虚弱、抵抗力差、性生活过度，酗酒等因素可缩短潜伏期，故潜伏期为2-10天，平均为3-5天。