由于阿米巴滋养体主要侵犯肠道，所以患者可有腹泻或痢疾病史。发生阿米巴性阴道炎后最主要的症状是分泌物异常，为血性浆液性或脓性粘液性分泌物，并伴有阴道、外阴瘙痒、疼痛。
这是因为阿米巴滋养体可使阴道上皮细胞坏死，形成溃疡所致。如发生局部组织增生，可形成肿瘤样物，会被误诊为恶性肿瘤或结核，这时需要活组织检查以鉴别诊断。
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