一、由于非淋的潜伏期比较长，自觉症状不明显，故常被忽视。
二、不规范用药，影响疗效。不少病人被确诊后，经过数天用药，症状有改善或消失，便以为是非淋已治愈而较早停药，但事隔不久症状又出现。
三、混合感染，加大了非淋的治疗难度。有资料表明，衣原体尿道炎混合感染者占23.48％，支原体尿道炎混合感染者占26.96％，非淋合并淋病、合并白色念珠菌病或其他感染者大有人在，这些病都会引发尿道炎的症状。如果只注意治疗非淋，而忽略其他感染的存在，则症状也不会完全消失。因此一旦发现有混合感染，则需同时施治，才会有满意疗效。
四、没有夫妻同治，造成相互传染或重复感染。一般来说，尿道炎男性患者症状明显，易于发现；女性较轻，易于被忽视。为了避免这一情况的发生，最好是夫妻同检查、同治疗，以免形成乒乓式传播，久拖难愈。