扁平疣的危害有很多，最主要的有：
一、癌变。现代医学研究证实，凡由“人类乳头瘤病毒”感染而导致的疾病均可导致癌变，其中，以“疣状表皮发育不良”癌变率最高，“尖锐湿疣”次之，“扁平疣”癌变率排第三。
二、有碍观瞻、伤“面子”。因扁平疣专在暴露部位发病，尤其爱出现在面部，且皮损有碍观瞻，很伤“面子”。
三、传染。扁平疣可以通过密切接触传染家人和朋友，因此，容易在亲人间导致隔阂。
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