生殖器疱疹在潜伏其中也有传染性，所以会让人在不知不觉得情形下成为疱疹的的传播者和受害者,疱疹病毒在潜伏期时是存在于脊髓的神经中，生理上并不会有任何症状的，但是此时病毒就已经具有传染性了。而疱疹病毒发作后，会有阵阵刺痛、灼热感、皮肤溃烂和小伤口等症状出现，而且还会长水泡，严重时水泡还会出水，让患部又痛有痒。
生殖器疱疹临床表现中可分为原发和复发两种。原发指首次感染病毒，一般从接触到发病约2-10天，也就是潜伏期。患病部位先有烧灼感，很快在红斑基础上发生3-10个成群的红色丘疹，伴有瘙痒，丘疹很快变成小水疱，3-5天后变为脓疱，破溃后形成大片的糜烂和溃疡，自觉疼痛，最后结痂愈合。整个病程可持续20天左右。
在男性好发于龟头、冠状沟、尿道口、阴茎、阴囊、大腿和臂部等处。女性好发于阴唇、阴阜、阴蒂、肛周或阴道。约90%的病人，病毒可同时侵犯子宫颈，出现阴道分泌物增多或下腹痛，并可并发宫颈炎和子宫炎。大多数男女病人双侧腹股沟淋巴结肿大。后期炎症波及尿道、膀胱时，可出现排尿困难、尿痛、尿频、严重者可发生尿潴留等现象。此外，还可能有其它症状同时出现，如发热、全身不适、头痛、颈项强直、脑膜炎和骶部神经系统功能不全。此病女性多于男性，症状也较男性严重。在发病人中约10%有咽炎，10%男性与26%女性的原发性生殖器疱疹病人同时伴有生殖器以外的病损，主要在臂部与手指，常见生殖器出现疱疹后的第2周，大多是受感染的生殖器部位的病毒自身接种而致。
在患有生殖器疱疹的病人中，大多数男女病人双侧腹股沟淋巴结肿大。男性同性恋者可出现直肠Ⅱ型疱疹病毒肛门直肠感染，其发病仅次于淋球菌引起的男性肛门直肠炎。临床表现为肛门直肠疼痛严重、便秘、排脓和里急后重，肛门可有疱和溃疡。