如有典型的生殖器疱疹症状，结合病史，排除药物过敏及其他感染性疾病、变态反应性疾病，诊断一般并不困难。临床不能肯定时，可进一步进行实验室检查，包括病毒分离和鉴定、细胞学检查和血清学方法。其中病毒分离和鉴定可用于确诊。现将常用实验室检查方法分述如下：
1、病毒分离 通常用组织培养、鉴定、分型加以证实，但分离成功的前提是取材的准确和尽快接种。必须从发病1~3天内的病损处用棉拭子从水疱底部取得标本，迅速送实验室作组织培养和病毒分离，阳性率可达75%~85%
2、检测病毒包涵体 疱疹病毒感染的快速诊断可取临床标本在显微镜下寻找病毒包涵体。
3、免疫细胞化学检查 通常用皮损细胞涂片，经特殊处理后在荧光显微镜下观察检测抗原，生殖器疱疹病毒感染细胞可见亮绿色荧光。
4、其他 如用电子显微镜检查病毒颗粒等。