复发性生殖器疱疹在原发后1-4个月内发生。第一次Ⅱ型疱疹病毒感染后一年内将近60%患者复发，第一年可复发4-6次。以后次数减少。复发患者全身症状较原发轻，每次发作的病程也较短，通常皮损约10天消退。有学者发现型疱疹病毒感染后只有14%复发，大大低于Ⅱ型疱疹病毒感染的复发率。复发一般都在原处，但水疱数目、持续时间 和自觉症状均比原发者轻、淋巴结不肿大、很少有全身症状。复发性生殖器疱疹多发生在外阴、阴道、宫颈及龟头等 部位，尿道发病较少见。
由于复发性生殖器疱疹反复发作又难以控制，有时疼痛较严重等原因，造成病人思想负担过 重，而出现心理障碍害怕致癌、害怕传染给性伴侣、回避与性伴侣的性生活、不愿与异性交往、导致性功能障碍，影响家庭和睦，甚至发生抑郁症。生殖器疱疹病毒与生殖器恶性肿瘤关系密切。早在60年代就有人提出引起生殖器疱疹。