生殖器疱疹的鉴别诊断：
1、硬下疳：硬下疳是一期梅毒疹，潜伏期3-4周，呈单发性硬结或溃疡，溃疡比生殖器疱疹深，基底呈软骨样硬度，无自觉疼痛及触痛，暗视野检查可见梅毒螺旋体。
2、软下疳：性接触后3天左右于外生殖器出现单发或多发性浅表溃疡，表面覆盖坏死脓液，基底柔软，边缘不整，呈穿凿状，自觉疼痛，触痛或压痛明显。
3、白塞氏综合征：又名眼、口、生殖器综合征，该病可首先出现口腔或外生殖器溃疡，盐水皮肤试验阳性．随病情进展，可继发眼虹膜睫状体炎及四肢的结节性红斑，可能为自身免疫性疾病，与性接触无关。
4、急性女阴溃疡：发生于女阴的急性疼痛性溃疡，多见于10-30岁的女性，且多数为未婚处女，与性接触无关。
5、固定性药疹：与性接触无关，起病前有明确的服药史。首次发疹部位固定且不限于外阴部，皮肤粘膜交界部位及趾背等处可有损害,皮损表现为暗红斑水疱，严重时出现大疱及溃疡。
6、性病性淋巴肉芽肿：又称为第四性病，由沙眼衣原体引起，潜伏期5-12日，病程分三期。
其他皮肤病：如接触性皮炎．脓疱疮．带状疱疹等,有时与疱疹相似，可从病史及检查等方面鉴别。