生殖器疱疹应与以下疾病鉴别：
(1)梅毒性硬下疳：其主要表现为生殖器糜烂，无继发感染时常为单个损害，不痛，暗视野检查可见梅毒螺旋体.
(2)软下疳：往往为多个溃疡基底垫，表面覆盖坏死脓液,边缘不整,疼痛及压痛.
(3)固定性药疹：发疹前有服药史或药物过敏史.首次发疹部位固定且不限于外阴部。皮肤粘膜交界部位及趾背等处可有损害,皮损表现为暗红斑水疱或大疱.
(4)口一眼一外生殖器综合征：也称为白塞综合征.该病可首先出现口腔或外生殖器溃疡，盐水皮肤试验阳性．随病情进展，可继发眼虹膜睫状体炎及四肢的结节性红斑.
(5)其他皮肤病：如接触性皮炎．脓疱疮．带状疱疹等,有时与疱疹相似，可从病史及检查等方面鉴别.