尖锐湿疣是由人乳头瘤病毒(human papillomavirus,HPV)感染所致。
当人体免疫功能降低或身体衰弱时易患尖锐湿疣。如肾异体移植后患尖锐湿疣的危险性增加；女性肾移植者中，有27％患者HPV16或HPV18阳性。HIV感染者发生HPV感染及HPV相关肿瘤的机率增加。在尿道炎和宫颈炎患者分泌物中也可检测到HPV病毒。
尖锐湿疣易复发原因之一，为存在亚临床型，即肉眼看不见疣体，此类患者可无症状，是病毒携带者，通过性接触而感染他人，因而应引起重视。5％醋酸试验阳性即可检出此型，称为醋酸白现象。其原理为蛋白质凝固的结果，HPV感染的细胞产生的角蛋白与正常上皮细胞产生的不同，只有HPV感染细胞才能被醋酸脱色。亚临床型尖锐湿疣组织病理上有尖锐湿疣改变。
除了尖锐湿疣的亚临床感染外，还有更早期的HPV感染，称之为HPV潜伏感染。为减少尖锐湿疣的复发，需注意以下几点：
1.尖锐湿疣复发的原因可能与患者存在其他性传播疾病有关，因而在治疗尖锐湿疣时应全面检查性传播疾病，若有其他性传播疾病要及时治疗。
2.尖锐湿疣复发也可能与亚临床感染存在有关，因而治疗时可应用5％醋酸检查，以进行彻底治疗。
3.HPV潜伏感染也可导致尖锐湿疣的复发。由于有HPV潜伏感染使非皮损区产生新的临床和亚临床皮损，当CO2激光或液氮冷冻等局部去疣治疗后，通过溃疡周围HPV感染细胞，使原皮损部再发新的皮损。