到目前为止，尽管对尖锐湿疣的发病机理尚不十分清楚，但一些研究已对HPV的感染过程，HPV在组织中的存在状态与增殖，以及尖锐湿疣的发病机理有了较深入的了解。
HPV是一种明显具有宿主和组织特异性的DNA病毒。因此，HPV只能感染人类，人类是HPV的惟一宿主。而且HPV具有严格嗜上皮细胞的特点，HPV侵入机体后，该病毒主要限定于皮肤和粘膜上皮细胞。HPV不进入血液扩散到全身，不产生毒血症等，也不会引起人体内脏器官尖锐湿疣损害。
在动物模型中，皮肤粘膜上皮的损伤是导致HPV感染必需的因素。因此，HPV进入皮肤粘膜上皮细胞之前首先要有皮肤粘膜的破损。这种破损可能是轻微的，往往用肉眼看不见，也可能是较明显的损伤。在人体易受HPV感染的部位是外生殖器官，也是在性交过程中皮肤粘膜容易受损伤之处，如在女性的阴道口、后联合、尿道口和阴道壁，在男性的包皮内侧、冠状沟、系带等处。此外，肛门也是HPV感染的好发部位。因此，在性交等过程中外生殖器官和(或)肛门的皮肤粘膜只要有微小的损伤时，HPV就有机会进入机体。HPV进入机体皮肤粘膜后，主要潜伏于表皮内基底细胞间，也有个别报告少数病毒在真皮中存在。一旦时机成熟HPV则进人细胞内进行增殖。