根据患者有不洁性接触史，尿道炎症状较淋病轻，分泌物检查找不到淋球菌，高倍镜下（400X）白细胞10～15个以上，油镜下（1000X）白细胞5个以上即可初步诊断，有条件者可应用荧光标记的单克隆抗体（直接荧光抗体法）检测上皮细胞内的衣原体包涵体，或应用多聚酶链式反应（PCR）检测衣原体和支原体DNA，衣原体和支原体培养进一步确诊。
1、尿道分泌物涂片及培养排除淋球菌、念珠菌及其他细菌感染。涂片有大量白细胞，10-15个以上/400倍，5个以上/1000倍显微镜检。
2、尿道分泌物或宫颈刮片，单克隆衣原体荧光抗体检查或培养。标本取法：男性2h以上不排尿，棉拭子插入尿道2-4cm，轻轻旋转5s，放置2- 3s，然后取出培养。
3、女性用窥阴器充分露暴宫颈，第一根拭子将宫颈表面分泌物擦掉，第二根拭子插入宫颈1-2cm，旋转10s，停2-3s，取出拭子，不要碰阴道壁。