又称为非淋菌性尿道炎（NGU）。是由衣原体感染引起的非急性化脓性尿道粘膜炎性病变。目前已成为STDs中最常见的一种。
　　本病潜伏期比淋病长，约1-3周或数月，主要表现为尿道内不适，刺痛及烧灼感，并伴有不同程度的尿频、尿急、尿痛，尿痛较淋病为轻。尿道口轻度红肿并有浆液或粘液脓性分泌物，稀薄而量少，长时期不排尿或早晨首次排尿前可见尿道口分泌物污染内裤，并可见尿道口有“糊口”现象；分泌物少时，于晨起挤压尿道才流出少量粘液。合并膀胱炎时可有血尿；无症状性非淋菌性尿道炎，约30-40%病人症状不典型或根本无症状。约1/3左右的淋球菌尿道炎病人合并沙眼衣原体感染，淋病治愈后又出现尿道炎症状，易误诊为慢性淋病或PPNG菌株感染。
　　沙眼衣原体感染易并发附睾炎，表现为附睾肿大，变硬及触痛，多为单侧，部分患者的抗沙眼衣原体抗体升高，可直接从附睾抽吸液中分离出沙眼衣原体；累及睾丸可出现睾丸炎，表现为睾丸疼痛、触痛、阴囊水肿及输精管变硬变粗；累及前列腺时可出现后尿道、会阴及肛门部位钝痛或触痛，可有性功能障碍，直肠镜检可触及有压痛的前列腺。如前列腺明显肿大，可压迫后尿道而出现尿流变细、排尿无力及尿流中断等；本病还可以合并Reiter综合征，即关节炎，结膜炎，尿道炎三联症。
       （二）女性生殖系统衣原体感染症
　　女性感染衣原体不限于尿道，可累及整个泌尿生殖器官，此类感染常因缺乏自觉症状或症状轻微而忽视了治疗，造成传染源而扩散，形成危害。
　　女性衣原体感染比男性感染引起的症侯要多，其主要感染部位为宫颈，由此垂直感染给新生儿，以至发生PID等，其后遗症多导致不孕症。
　　无症状感染（缺乏症状反应）：由于本病缺乏自觉症状，则局部病象便成为诊断的一个重要指标，表现为阴道有脓样分泌物，亦可为粘液或浆液性。分泌物量较多（为中等量），稍有臭味。阴道粘膜为正常颜色，但常伴有宫颈糜烂。
　　衣原体性宫颈炎：当伴发宫颈炎时、宫颈发红，有浆液或脓性分泌物增加、阴道内糜烂扩大，易于出血等症状。镜检下阴道分泌物的所谓“阴道清洁度”多为III度以上。沙眼衣原体主要侵犯宫颈的柱状上皮细胞，而磷状上皮细胞常不被侵犯，故阴道，宫颈局部没有改变。
　　宫颈炎的主要症状是白带增多，不时出血及小腹部疼痛等一般症状，无特异性表现，多因其性伴患有尿道炎而来院就诊。
　　衣原体性输卵管炎，本症多由宫颈炎并发引起。用腹腔镜直接从输卵管抽吸物标本中，约30%以上检测出衣原体，病情经过多数较轻、下腹部可有轻微疼痛，一般体温不高，但血沉稍快。由于这种非典型经过，使病人拖延就医，往往引起子宫附件损害，形成输卵管炎的后遗症，其最主要表现是输卵管性不孕症。
　　盆腔炎（PID）：PID不是固定疾患的用语，凡在盆腔内感染症，如宫内感染，输卵管炎等附件炎症波及盆腔腹膜特定的部位感染均可称之为PID，由CT引起的PID主要是由宫颈炎上行感染所致。其主要表现是急腹症型。
　　部分患者可导致宫外孕、流产、不孕、死胎及新生儿死亡。有些病人除不孕外，可无任何症状。也可通过产道传染，引起婴儿眼结膜炎、鼻炎、中耳炎、肺炎及阴道炎等。